İbn-i İsa'nın cifr (gelecekte vuku bulacak olayları değişik metodlarla öğrettiğine inanılan ilim) türündeki eseri. Müellif, eserini babası Mecdüddîn İsa'nın vasiyeti üzerine kaleme alır. 1557 yılında kaleme alınan ve on iki bölümden oluşan eserin birinci bölümünde, Kanuni Sultan Süleyman ve ondan sonra tahta çıkacak hükümdarlardan bahsedilir. Ayrıca bu bölümde müellifin İran beyleriyle olan mücadelelerden bahsettiği de görülür. İbn-i İsa, eserinin birinci bölümünde son olarak Kanuni Sultan Süleyman döneminde meşayihe yeterince değer verilmediğini ifade eder. Eserin ikinci bölümünde vezirlere değinilir. Müellif, Kanuni Sultan Süleyman devrinde görev yapan dört veziriazamın özelliklerini açıkça ifade eder. Daha sonra yazar, eserin yazıldığı tarihten itibaren Osmanlı İmparatorluğu'nda sadaret mührü alacak vezirlere dair kehanet özellikleri de taşıyan tahminlerini sıralar. Üçüncü bölüm sancağa çıkmış ve çıkacak şehzadelerle ilgilidir. Müellif, gelecekle ilgili çeşitli tahminlerinden sonra iyi eğitilmiş bir şehzadenin sahip olması gereken özelliklerden de bahseder. Dördüncü bölüm, şehzade hocaları lalaların konumu ve davranışları hakkındadır. İbn-i İsa, bu bölümde şehzadenin yetişmesinde önemli görevler üstlenen lalaların adalet, iyi ahlak, dürüstlük ve cömertlik gibi huy ve davranışlara sahip olmaları gerektiği üzerinde durur. Beşinci bölüm müftüler üzerinedir. Bu bölümde de müellif, gelecekten haber vermeye devam eder. Altıncı bölüm, kazaskerler hakkındadır. Yazar, kazaskerlik makamıyla ilgili birtakım kehanetlerde bulunur. Yedinci bölüm naipler üzerinedir. Eserin sahibi, kadılara vekalet eden naiplerin rüşvete alışmalarından yakınır. Diğer bölümlerde olduğu gibi yazar, ileride tahta çıkacak bir hükümdarın bu duruma son vereceği kehanetinde bulunur. Bu bölümde müellif, kadıların görev karşılığı ücret almaları üzerinde de durur. Bu bölümde bir kehanet aracılığıyla Yahudilere asla güvenilmeyeceği de ifade edilir. Sekizinci bölüm beylerbeyi ve sancakbeyleri üzerinedir. Beylerbeylerinin şehzadelerle işbirliği yaparak vezirlik makamına kadar yükseldiklerinin anlatıldığı bölümde yine çeşitli kehanetlere de yer verilir. Dokuzuncu bölüm, tımar sistemiyle ilgilidir. Bu bölümde müellif, tımar sisteminin bozulması ve buna bağlı olarak toprağı işleten sipahinin elinde köylünün ağır vergiler nedeniyle ezilmesi anlatılır. Yazar, hükümdarı sıklıkla uyarır. Onuncu bölüm, H 3000 (M 3532) yılına kadar meydana gelecek olaylarla ilgilidir. Yazarın astroloji ilmiyle de ilgilendiği bu bölümdeki ifadelerinden anlaşılır. On birinci bölüm, şeyhlerle ilgilidir. Onların çeşitli vasıflarda ve derecelerde oldukları ifade edilir. Her zaman Hak yolunda olmaları gerektiği vurgulanır. On ikinci bölüm, İslam toplumundaki çeşitli sufi zümrelerin inançları, kerametleri ve mertebeleriyle ilgilidir. Bu bölümde yazar, sufi zümreleri on sekiz sınıf altında değerlendirir. 

Rumûzu’l-künûz fi’l-cifr, cifir ve astroloji özellikleri göstermekle beraber aynı zamanda işlediği konular bakımından bir siyaset-namedir. Bununla beraber şeyhler ve sufi zümreler hakkındaki tespitler nedeniyle eserin tasavvufi bir yönü de vardır. 

Eserin yazma nüshaları Süleymaniye Ktp., Esad Efendi, nr. 1986; Fâtih, nr. 3432; Hacı Mahmud Efendi, nr. 4224, 4981 numaralarda kayıtlı olup eser hakkında yüksek lisans çalışması yapılmıştır (Özgül 2004). 

Yazarın biyografisi için bkz.. “İbn-i İsâ, İlyas Saruhanî”. Türk Edebiyatı İsimler Sözlüğü. http://teis.yesevi.edu.tr/madde-detay/ibni-isa-ilyas-saruhani