Fazlî'nin Gül ü Bülbül’ü, Anadolu sahasında yazılan Gül ve Bülbül hikâyeleri içerisinde en tanınmış olanıdır. Mesnevi nazım şekliyle yazılan ve Sebeb-i Nazm-ı Kitâb kısmından sonraki “pâdişâh-zâde” övgüsünden anlaşıldığı üzere Şehzâde Mustafa (ö. 1553)‘ya sunulan eser 960/1553'te tamamlanmıştır.  Fe'ilâtün mefâ'ilün fe'ilün kalıbıyla yazılan ve yaklaşık 2450 beyitten ibaret olan mesnevinin bitki, hayvan ve doğa güçleriyle olaylarından oluşan kahramanları birer sembol durumundadırlar. Fazlî, ebedî varlığın tek olduğu fikrini, düşünme, konuşma, kavrama ve hareket etme gibi insanî özelliklerle donattığı kahramanlar aracılığıyla okuyucuya vermeğe çalışmıştır. 

Giriş kısmında dinî şiirlerin bulunduğu Gül ü Bülbül, düzenli (mürettep) bir mesnevi görünümündedir. Mesnevi, Besmelenin övgüsüne ilişkin bir manzume ile başlar. Manzumenin ardından, tevhit içerikli iki şiir ile bir münacat vardır. Münacâtı takiben Hz. Muhammed övgüsünde bir naat, bir mi’râciyye ile Hz. Muhammed'e, ailesine ve sahabelere dua konulu bir manzume mevcuttur. Dinî şiirlerden sonra mesnevinin yazılma sebebinin anlatıldığı "Bu Hikâyet-i Pür-nikâtuñ Tertîb ü Terkîbine Sebeb-i Hadîs ve Bu Rivâyet-i Bâ-dirâyetüñ Tahrîr ü Tastîrine Dâ‘î vü Bâ'is Ne Oldugıdur Ki Nakl Olınur" başlıklı manzume ve şairin eserini sunduğu Şehzâde Mustafa'ya söylenmiş bir medhiye ile eserin giriş kısmı son bulur. Medhiyenin ardından da asıl hikâye bölümüne giriş yapılır. Mesnevinin sonunda kahramanların anlatıdaki simgesel değerleri şair tarafından bir manzume ile okuyucuyla paylaşılır.

Fazlî’nin Gül ü Bülbül’ü şu şekilde özetlenebilir: Rûm ülkesinde Bahar adlı bir padişah ile onun Gül adında güzellik ve zarafette eşi benzeri olmayan bir oğlu vardır. Eğitimini tamamlayan Gül’ü, Bahar Şah Şehr-i Gülşen’e vali olarak atar. Gül, Gülşen’in tahtına oturur, çiçekler de ona hizmet ederler. Gülşen’in dışında yaşayan Bülbül, Nesîm’den Gül’ün güzelliğini duyup ona kulaktan âşık olur. Cûy (akarsu)’un kılavuzluğunda Gülşen’e gelip baba dostu Serv’in dalına yerleşir. Serv’in dalında Gül aşkıyla ötmeğe başlayan Bülbül’ün sesini duyan Gül, Nergis aracılığıyla âşığının kim olduğunu öğrenir. Nesîm aracılığıyla ona feryat etmeyip sabretmesi ve adını âleme duyurmaması için haber gönderir. Ötmesinden vaz geçmeyen Bülbül, postacı Zanbak’la Gül’e mektup gönderir. Gül’ün, vefa göstereceğini belirten cevabi mektubuna rağmen feryatlarını kesmeyen Bülbül, önce Hâr ve Sünbül tarafından Gülşen’den dışarı atılır, sonra da Gül’ün emriyle önce yakalanıp tutsak edilir, sonra da Hâr ve Sünbül tarafından kafese hapsedilir. Bahar Şah’ın Rûm ülkesindeki, Gül’ün de Gülşen’deki hakimiyeti uzun sürmez. Bahar Şah’tan sonra sırasıyla Temmûz, Hazân ve Şitâ Şahlar Rûm Ülkesi ile Gülşen’i ele geçirip yönetici olurlar. Önce, doğu memleketlerinden gelen Temmuz Şah Gülşen’i ele geçirir, her yanı sıcağıyla kurutur, yakıp kavurur. Temmuz’dan sonra tahta oturan Hazân Şah zamanında soğuktan herkesin benzi sapsarı olur. Hazân’dan daha sert tabiatlı Şah Şitâ zamanında kimse soğuktan dışarı çıkamaz. Bu sırada Bahar Şah, dostu Nevrûz Şah’ın ülkesine ulaşır. Onun yardımıyla Gülşen’i tekrar ele geçirir. Gül tahtına kurulup eski neşeli günlerine geri döner. Bir gün meclisini kurup eğlenirken bülbülü anımsar. Bülbülün kafese hapsedildiğini öğrenince Nesîm aracılığıyla onu kafesten kurtarıp Gülşen’e ve meclisine kabul eder. Âşık ve maşuk Bülbül ve Gül aradan ikiliği kaldırıp birliğe (vahdete) ulaşırlar. 

Agah Sırrı Levend’in “Temsilî hikâyeler” (Levend, 2018: 124) sınıfına dahil ettiği eser için Latîfî, üslup itibarıyla “Hâcû-yı Kirmânî (ö. 1352)’nin Ravzatü’l-Envâr’ı ve Hazret-i Hocendî (ö. 1401)’nin Bedâyiʽü’l-Eshâr’ının taklidi” (Canım, 2000: 433) olduğunu söyler. Âşık Çelebi de eser hakkında “… hak budur ki üslûb-ı hâs üzre terkîb eylemişdür.” (Kılıç, 2010: 1195) şeklinde değerlendirmede bulunur.

Yazıldığı tarihten itibaren beğeniyle okunan Gül ü Bülbül üzerine bir kısmı akademik düzeyde olan çalışmalar yapılmıştır. Eser üzerine hazırlanmış iki doktora tezinden ilki 4 nüshayı esas alan ve inceleme ile metin neşrinden oluşurken (Öztekin, 1987), ikincisi Gül ve Bülbül hikâyeleri üzerine hazırlanmış mukayeseli bir çalışma olup Gül ü Bülbül’ün metnine de yer vermiştir. (Zavotçu, 1997) Bir doktora ön çalışması (Çelikbaş, 1939/40), bir kitap (Zavotçu, 1995) ve iki bitirme tezi (Özkut, 1948; Zavotçu 1990) konuyla ilgili diğer çalışmalardır. Beşir Ayvazoğlu'nun “bülbülün güle aşkının en iyi anlatıldığı eser” (Ayvazoğlu, 1992: 89, 90) olarak nitelediği Gül ü Bülbül Avrupalı araştırmacıların da ilgisini çekmiş, Avusturyalı Hammer mesnevinin tamamını Almancaya çevirip Türkçesi'yle birlikte 1834'te Peşte'de yayımlamıştır. Fransız araştırmacı Dora D'Istria ise, La Poesiés Des Ottomans adlı eserinde Gül ü Bülbül'ü geniş olarak inceleyip hikâyenin özetini sunmuştur. (D’Istria, 1982: 146s). İngiliz araştırmacı E.J.W. Gibb mesnevinin bazı bölümlerini İngilizceye çevirmiş (Çavuşoğlu, 1999:III/87-91), Gibb’in İngilizceye çevirdiği kısımlar De Sugny tarafından da Fransızcaya aktarılmıştır. Ayrıca, eser üzerine hazırlanan doktora ön çalışmasında belirtildiğine göre Gül ü Bülbül’ün özeti Erivan'da Ermenice basılmış, Paris’te de 14 varak hacimli Fransızca tercümesi yayımlanmıştır (Çelikbaş, 1939/40: 39).

Şairin biyografisi için bk. "Fazlî". Türk Edebiyatı İsimler Sözlüğü.http://teis.yesevi.edu.tr/madde-detay/fazli.